Verdenseneren lå under 1-5 i tredje og avgjørende sett mot den spanske kvalifiseringsspilleren Ruben Ramirez Hidalgo og var to ganger bare to poeng fra nederlag mot en spiller som er rangert 136 plasser lavere.
Hidalgo hadde to ganger sjansen til å serve hjem seieren, men Federer reiste seg og vant 6-1, 3-6, 7-6. I tiebreak utnyttet han omsider klasseforskjellen og vant 7-1.
– Dette var et slit. Jeg ga meg ikke, og håpet hele tiden at jeg skulle gjøre færre feil og at det skulle vende min vei, sa sveitseren.
– Jeg ble litt fintet ut av at han spilte så dårlig i første sett. Da han begynte å spille bedre, fikk jeg problemer.
Vanligvis seiersvante Federer har møtt motgang denne sesongen, og enkelte spekulerer i at storhetstiden hans er over. Han har tapt Australian Open-tittelen, tapt i 1. runde i Dubai, og røket ut før finalen i både Indian Wells og Miami.
Hans eneste turneringsseier kom sist helg, da finalemotstander Nikolaj Davidenko skadet seg og måtte trekke seg fra videre spill.
Federer slet i vinter med kyssesyke, og det er iallfall en del av forklaringen på hans trøblete sesongstart.
– Jeg er skuffet over spillet mitt, men jeg har faktisk vunnet seks av seks kamper på grus i år, sa Federer.
Erkerivalen Rafael Nadal, som har vunnet Monte Carlo Masters tre år på rad og slått Federer i finalen de to siste årene, årsdebuterte onsdag på grus. Han utklasset Mario Ancic 6-0, 6-3 og tok sin 108. seier på de 111 siste gruskampene.
