Clintons bil ble ikke truffet under bombardementet, men en egyptisk tjenestemann fikk en tomat i ansiktet og en av bilene fikk en vannflaske på panseret under kjøreturen gjennom Alexandria.
Noen av demonstranter ropte «dra hjem» til den amerikanske utenriksministeren, mens andre ropte «Monica, Monica» for å håne henne, en henvisning til ektemannens affære med Monica Lewinsky i Det hvite hus.
Det er uklart hvem søndagens demonstranter i Alexandria var og hvilken politisk fløy de tilhørte.
Demonstrasjoner er blitt vanlig i Egypt etter at president Hosni Mubarak, gjennom mange år en nær alliert av USA, ble styrtet.
Lørdag ble det demonstrert utenfor Clintons hotell i Kairo, der det ble ropt anti-islamistiske slagord og anklager om at USA hjalp Det muslimske brorskap til makten i Egypt.
Clinton avviste dette i en tale i forbindelse med gjenåpningen av USAs konsulat i Alexandria.
- La meg være helt klar på at det verken i Egypt eller andre steder er opp til USA å velge vinnere og tapere. Heller ikke dersom vi hadde vært i stand til å gjøre det, noe vi naturligvis ikke er, sa hun.
- Vi er beredt til å samarbeide med dere, når dere nå skal stake ut deres egen kurs og etablere deres eget demokrati. Vi ønsker å stå for prinsipper og verdier, ikke folk eller partier, la Clinton til.
USAs utenriksminister Hillary Clinton ble møtt av hissige demonstranter i Egypt.
