Meldingen om ulykken kom klokken 18.52 lørdag kveld, ifølge NRK.
Den døde mannen ble funnet ved 01.50 tiden natt til søndag, og de pårørende er varslet.
Ukjent hvilke type båt
Det er ikke kjent hva slags båt det dreier seg om.
Hovedredningssentralen Sør-Norge sendte et redningshelikopter til Gloppenfjorden. De meldte om vanskelige leteforhold.
– Det er svært mørkt der inne og regn, så dette er komplisert, sa redningsleder Børge Galta.
I tillegg til redningshelikopteret var det to luftambulanser på stedet.
Den omkomne mannen ble lokalisert i fjorden ved hjelp av en undervannsfarkost.
Det ble satt inn store ressurser i leteaksjonen, meldte Redningsselskapet på Twitter.
Redningsselskapet