Ifølge den internasjonale sportskanalen ESPN satt Agüero i en taxi på vei til flyplassen i Amsterdam torsdag kveld da ulykken inntraff.
Ifølge kanalen skal sjåføren ha mistet kontrollen over bilen og kjørt inn i en stolpe.
Agüero ble fraktet til sykehus i Amsterdam med ribbeinsbrudd.
29-åringen, som er toppscorer i Premier League, var på vei tilbake til Manchester etter at han hadde sett en konsert med den colombianske artisten Maluma i den nederlandske hovedstaden.
Nå fryktes det at argentineren blir satt på sidelinjen i seks til åtte uker. Helgens Manchester City-kamp mot Chelsea går i hvert fall uten stjernespissen. Han er heller ikke aktuell til VM-kvalifiseringskampene mot Peru og Ecuador i neste uke.
Rapportene om Agüeros skade kommer dagen etter den nedslående nyheten om at Citys Benjamin Mendy kan være ute resten av sesongen med en alvorlig kneskade.