Det skjedde i pausen av 1-1-kampen mot Huddersfield som kraftig reduserte London-klubbens sjanser til å få mesterligaspill neste sesong.
Dommeren opprørte Chelsea-spillerne da han på stillingen 0-0 ga dem hjørnespark, men blåste for pause før det kunne tas.
César Azpilicueta, Cesc Fàbregas og Antonio Rüdiger førte an i de rasende protestene, og sistnevnte måtte trekkes unna av hjelpetrener Carlo Cudicini, som også hindret manager Antonio Conte fra å konfrontere dommeren.
– Chelsea må svare for ikke å ha sørget for at spillere og/eller ledere oppførte seg på tilbørlig måte, heter det i en uttalelse fra FA.
Klubben har fått frist til tirsdag kveld med å svare på anklagen.
Huddersfield berget med sitt poeng plassen i Premier League, mens Chelseas sjanse om å klatre til topp fire ble kraftig redusert. Tar Liverpool poeng hjemme mot Brighton i serieavslutningen søndag, ender Chelsea på femteplass.
(©NTB)