Valgdeltakelsen var imidlertid kun på 41 prosent, ifølge kommisjonen. De endelige resultatene av søndagens presidentvalg ble offentliggjort mandag.
Sisis valgseier kom ikke som noen overraskelse, ettersom de fleste utfordrere på forhånd var ryddet av veien.
Styrtet president
Sisi ledet militærkuppet i 2012 der Egypts første demokratisk valgte president, Mohamed Mursi fra Det muslimske brorskapet, ble styrtet.
Kuppmakerne forbød brorskapet og kastet titusenvis av opposisjonelle i fengsel. Mange av dem ble dømt til døden, blant dem Mursi, som senere fikk omgjort dommen til 20 års fengsel.
– Brudd på menneskerettigheter
I 2014 ble Sisi valg til president i et valg som opposisjonen boikottet, og året etter sikret den tidligere hærsjefens støttespillere seg flertall i nasjonalforsamlingen i et valg der Mursis parti ble nektet å stille.
Amnesty International og Human Rights Watch anklager det egyptiske regimet for omfattende brudd på menneskerettighetene.