Viten

Hvordan best teste for korona?

Hurtigtester, gentester eller PCR-tester. Slik vurderer vi hvilke tester som er best for å finne koronasmitte.

Bioingeniør Dominika Piska i ferd med å sette opp en PCR-test for sars-cov-2 på Haukeland universitetssjukehus. For storvolumtesting benyttes PCR-tester som bruker 4-6 timer, men for inneliggende pasienter der det haster med svaret har man PCR-tester som bare bruker 30 minutter. Foto: Haukeland universitetssjukehus

  • Elling Ulvestad og Øyvind Kommedal
    Pandemisenteret ved Universitetet i Bergen og Haukeland universitetssjukehus
Viten er Aftenpostens satsing på forskning og vitenskap, der forskere og fagfolk fra hele landet bidrar med artikler.

Koronapandemien har gitt allmennheten tilgang til et helt nytt repertoar av ord og begreper som tidligere var forbeholdt oss som arbeider med smittestoffene. Ord som flokkimmunitet, R-tallet og testing, er blitt en del av dagligtalen.

Dette er en velkommen utvikling. En felles forståelse av ord og vendinger gjør det enklere for den enkelte selv å vurdere nytteverdien av ulike former for smitteverntiltak.

Når det gjelder testing for smittestoff, som gjøres for å avklare om en pasient er smittet eller ikke, er det nyttig å skille mellom individ- og samfunnsrettet diagnostikk. De mikrobiologiske laboratoriene er primært satt opp for å diagnostisere enkeltindividet, men sammenstiller også resultater fra pasientprøvene for å angi utbredelsen av smitte i regionen. Ved det gis allmennheten informasjon om smitterisiko i eget område. Siden laboratoriene er opptatt av den enkeltes smittestatus, og siden smittehåndtering blir mer effektiv dess tidligere det tas grep, anvender vi metoder som i størst mulig grad gir korrekte og raske resultater.


Mange veier til Rom

De mikrobiologiske laboratoriene anvender flere typer tester for å påvise koronaviruset. Til nå har gentester vært enerådende. Etter hvert kommer det nye strukturbaserte tester, også kalt antigenbaserte tester, på markedet. Strukturbaserte tester kan anvendes som hurtigtester på legevakter og til og med hjemme. De påviser virusmolekyler som er unike for det pandemiske viruset.

I figuren er disse strukturene markert med rødt, lyseblått og gult i virusets kappe. Gentestene påviser arvestoffet (oransje kjede) på innsiden av kappen. Arvestoffet består av en lang kjede (en sekvens) med ulike typer RNA-molekyler. Siden ulike typer smittestoff har ulike sekvenser, kan de skilles fra hverandre på flere måter. Enten ved sekvenseringsteknologi, som kartlegger rekkefølgen på de ulike kjedeelementene, eller ved PCR-tester, som påviser en unik og avgrenset del av kjeden.


Utbruddet på Askøy

Betydningen av gentester for å påvise smittestoff ble tydeliggjort ved utforskningen av Campylobacter-utbruddet på Askøy i pinsen 2019. Vi mottok de første avføringsprøvene fra pasienter med diaré dagene før pinseaften, og brukte PCR for å lete etter markører for arvestoff i pasientenes avføring. Prøvene slo ut på Campylobacter og ikke på andre diaréfremkallende smittestoffer.

Dermed hadde vi identifisert årsaken til de ulike pasientenes diarésykdom. Siden vi ikke visste om pasientene hadde fått smittestoffet fra ulike kilder, valgte vi umiddelbart å sekvensere arvestoffet til Campylobacter-bakteriene for å se om de var forskjellige. Vi fant da at alle pasientene hadde Campylobacter med samme arvestoffsekvens. Vi kunne dermed allerede andre pinsedag slå fast at pasientene var smittet fra samme smittekilde. Senere ble det vist at smittekilden var et drikkevannsmagasin.

Elling Ulvestad, professor i immunologi, Pandemisenteret ved Universitetet i Bergen og avdelingssjef ved Mikrobiologisk avdeling, Haukeland universitetssjukehus og Øyvind Kommedal, førsteamanuensis, Pandemisenteret ved Universitetet i Bergen og seksjonsoverlege, Haukeland Universitetssjukehus.


Undergrupper av korona

Den samme tilnærmingen bruker vi for å påvise koronaviruset. Men i motsetning til utbruddet på Askøy, vet vi at koronaviruset har kommet til Norge i flere omganger, og at det har spredt seg til alle lag av befolkningen. Vi vet også at det finnes en hel rekke ulike undergrupper av koronaviruset. Virus i disse undergruppene ikke er vist å skille seg fra hverandre for egenskaper som smittsomhet, evne til å fremkalle sykdom, eller motstandsdyktighet mot behandling.

Det er derfor unødvendig å bruke kostbar og tidkrevende sekvenseringsteknologi for å kartlegge hvilket virus den enkelte pasient er smittet med. Det er tilstrekkelig med PCR. Vi oppfatter derfor påstanden om at sekvensering kan gi «livsviktige svar på hvordan smitten sprer seg, og hvordan pandemien kan stoppes» (Aftenposten 16. oktober), som tendensiøs.

Veien blir til mens vi går

Dette betyr ikke at sekvenseringsteknologien er unyttig. Dersom det for eksempel blir funnet varianter av viruset i Norge eller internasjonalt som smitter lettere eller gir mer alvorlig sykdom, kan laboratoriene bruke kunnskapen som er vunnet ved sekvensering til å lage nye PCR-tester mot akkurat disse variantene. Slik vil vi rutinemessig kunne undersøke alle prøver spesifikt både for de «farligere» og de «vanlige» sars-cov-2-virusene.

Nasjonal og internasjonal overvåking av virus ved sekvensering kan også ha noe for seg når vaksiner blir tilgjengelig. Dersom det for eksempel viser seg at noen vaksiner virker dårligere mot noen virusvarianter enn andre, kan det være nyttig å vite hvilke varianter som finnes for eksempel i Vestland, slik at vaksinasjonen kan skreddersys til den sirkulerende virustypen.


Hurtigtestenes svakhet

At de mikrobiologiske laboratoriene anvender PCR heller enn strukturbaserte hurtigtester, har med testenes ulike evne til å oppdage små mengder virus å gjøre. Hurtigtestenes svakhet er at de kan bli falskt negative dersom det er lite virus til stede i prøvematerialet. Dette problemet er langt mindre uttalt for PCR-testen.

En forestilling om forskjellen mellom testene kan fås ved å sammenligne det å finne et virus i en pasientprøve med det å finne en nål i en høystakk. I likhet med hurtigtesten leter PCR etter selve nålen. Men til forskjell fra hurtigtesten vil PCR-testen lage millioner av nålkopier straks den har funnet nålen. PCR-testen lager således nålen om til en høystakk av nåler, noe hurtigtestene ikke kan.

Hurtigtestene har ennå ikke funnet en plass ved utredning av pasienter. Ved positiv test vil de trolig være nyttige for rask oppstart av isolasjon og smitteoppsporing. Hvordan negative testresultater skal håndteres, er derimot uavklart. På grunn av manglende følsomhet, anser vi det som nødvendig å bekrefte slike resultater med PCR ved mistanke om smitte.


Her står vi

Kort sagt, sekvensering kan anvendes til nasjonal overvåking av virusvarianter. Men så lenge vi ikke finner varianter som er mer smittsomme eller gir mer alvorlig sykdom, får ikke dette betydning for kartlegging av den enkelte pasients smittestatus eller forståelse av det enkelte utbrudd. PCR er bærebjelken i diagnostikk av pasienter og i kartlegging av utbrudd. Hurtigtester er mindre følsomme og har derfor en foreløpig uavklart rolle.

Følg Aftenposten Viten på Facebook og Twitter!

Les mer om

  1. Koronaviruset
  2. Koronaviruset
  3. Forskning og vitenskap
  4. Test
  5. Viten

Koronaviruset

  1. NORGE
    Publisert:

    Dagen: Landets biskoper anbefaler å utsette konfirmasjonene til høsten

  2. VERDEN
    Publisert:

    Verst rammet i Europa. Men hvorfor i all verden følger bare én av fire briter de viktigste reglene?

  3. VERDEN
    Publisert:

    Direktestudio: Koronaviruset

  4. VERDEN
    Publisert:

    Her har 1,2 millioner fått to doser vaksine. Det gir ny innsikt i hvor effektiv vaksinen er.

  5. DEBATT
    Publisert:

    På kort tid klarte myndighetene å rasere min tillit

  6. NORGE
    Publisert:

    De inviterte 125 gjester til bryllup i mars. Nå er vaksinen utsatt og drømmedagen står i fare.